La cuenta pública 2009 encuentra tres grandes problemas en el funcionamiento de los fondos del ramo 33. En primer lugar, hay un problema de diseño: el contenido de la Ley de Coordinación Fiscal, las fórmulas de distribución y las reglas para el ejercicio de los recursos no corresponden con un plan deliberado de distribución de funciones, sino que presentan inercias, además de responder a una lógica federal:

La normativa federal en materia presupuestal y de gasto público que regula el ejercicio de los recursos federales transferidos fue diseñada desde la perspectiva del Gobierno Federal, por lo que es necesario armonizarla con la de las entidades federativas.
La anualidad en el ejercicio de los recursos […] provoca la existencia de subejercicios que generan opacidad en la gestión, posponen el logro de los beneficios previstos y dificultan la fiscalización de los recursos.

Las fórmulas y mecanismos de distribución de los recursos tienen un sesgo inercial y de inequidad (Informe Ejecutivo, p. 164).
En segundo lugar, la ASF señala que no hay evidencia sobre los resultados de estos recursos:

no se ha realizado una evaluación integral de los impactos y resultados del gasto federalizado, ni de cada uno de los fondos y programas (p. 165).

Y, finalmente, hay un serio problema con la rendición de cuentas:

la gestión del gasto federalizado no observa la transparencia necesaria, pues la información que se presenta sobre los fondos y programas en las cuentas públicas federal, estatal y municipal carece de la claridad y el detalle necesarios, además de que son documentos poco accesibles a la población (p. 165).

Igualmente, la entrega de los informes periódicos la SHCP, para su consolidación y envío a la Cámara de Diputados, respecto del ejercicio, destino y resultados de los recursos transferidos, es incompleta e insuficiente, particularmente en el caso de los municipios.

Efectivamente, sobre esto último, los informes generados por municipios y estados no siempre son entregados, y no hay consecuencias por esta omisión. Más aún, la información recopilada no tiene destino útil: no se toman decisiones sobre el funcionamiento de los fondos, sobre responsabilidades ejercidas ni sobre las fórmulas utilizadas (sobre esto, más aquí). Ni gobierno federal ni el Congreso de la Unión toman en cuenta la información recabada para mejorar el diseño de los fondos del ramo 33.